微生态制剂中的水质净化剂中的微生物代谢具有氧化、氨化、硝化、反硝化、解磷硫化及固氮等作用，能将有害物质分解为二氧化碳、硝酸盐、硫酸盐等，不仅净化了水质，还能为单胞藻的繁殖提供营养物质促进藻类的繁殖。将具有拮抗特性的微生态制剂施入养殖水体中或添加到饲料中，能杀死或抑制病原微生物，从而改善水质，增强水产动物的抗病力，为其提供良好的生存环境。黄永庆，陈学豪在甲鱼和对虾饲料中添加复合微生态制剂，有利于其生长与存活，可大大降低水体中的氨氮及亚硝酸盐等有害物质的含量，从而减少水生动物的发病率，提高成活率，有效地提高了其产量、产值和效益。
        同时，微生态制剂是很好的免疫激活剂，能刺激水产动物产生干扰素，提高免疫球蛋白浓度和巨噬细胞的活性，通过非特异性免疫调节因子等激发机体免疫。Harshamjit等报道，长期服用益生素可减少胃肠道感染。因为有益菌不仅起到机械性防御作用，还会刺激机体产生特异性和非特异性免疫应答。国内刘克琳、何明清采用有益芽孢杆菌制成的微生态添加剂饲喂鲤鱼苗100天后发现，实验组免疫器官如胸腺、脾脏，生长发育较对照组迅速，电镜观察免疫器官内T、B淋巴细胞，较对照组成 熟快、数量增多，产生抗体增多，免疫功能增强。 Nikoskelainen等也有报道，虹鳟饲喂益生素后，其免疫力增强。 据多方报道， 水产养殖上微生态制剂能提高罗氏对虾幼苗的成活率，增强成虾、大西洋鲑对病原菌的抵抗力。桂明远，吴垠等应用微生态制品饲养中国对虾的结果表明，微生态制剂能明显提高中国对虾感染暴发性流行病后的成活率，使死亡高峰时间延迟。流行病感染后的血液病理指标显示，病虾的血清总蛋白、白蛋白、球蛋白下降，甘油三脂、碱性磷酸酶等指标上升。说明微生态制剂可调整肠道内菌群的微生态平衡，刺激鱼类细胞系统，从而形成高效价的特异性抗体，增加鱼类免疫力，降低了死亡率。
        水生环境对水产动物的生长尤其重要。而微生态制剂中常用的微生物菌群，它们能够降解进入养殖池塘中的各种有机废物，消除有毒因子，稳定pH值，平衡菌相与藻相，营造良好的水生环境，达到预防疾病、健康养殖的效果。黎建斌用微生态制剂饲养南美白对虾，效果明显好于对照组，产量提高44%，成活率提高9.8%。其主要技术程序为：虾池底质药物消毒处理——进水——肥水素培养基础饵料生物——无病害虾苗投放——定期泼洒复合微生物净水剂稳定水质；全程每餐用超浓缩EM菌或营养液或免疫促长剂，定期以中草药防治虾病，效果相当显著。
        刘长忠用芽孢杆菌制剂和酶制剂进行草鱼饲喂试验，结果表明，当益生素添加0.52～0.66%，酶制剂添加0.20～0.21%，可提高草鱼生长程度，使草鱼生长性能达到最佳水平。这可能是由于微生态制剂作用，一些微生物在其发酵或代谢过程中，会产生促生长素之类的生理活性物质，产生各种酶类，并提高动物的消化酶活性，从而有助于食物的消化吸收，促进了草鱼生长发育。