病原感染机体时首先遇到的是宿主的各种非特异性防御机制，而特异性免疫要感染后若干时间才开始出现。另外，免疫系统最大的部分是那些对疾病起非特异性屏障作用的器官，它们发挥的作用快，涉及范围广，是特异性免疫的基础。
    1. 加固外部屏障：健康完整的皮肤是抵抗病原侵入机体的第一道天然强大防线。其上皮角质有机械阻挡作用，一些腺体分泌物（当为低浓度有机酸时）也有杀菌,抗病毒和抗霉菌的化学屏障作用。一旦因某些原因使皮肤的完整性遭到破坏（即使肉眼难见的损伤），这种屏障作用就和会丧失。如被咬尾的猪，易发关节炎，败血症和其它疾病。
    2. 保护机体内黏膜：黏膜是机体内最大的免疫器官，有着十分重要的免疫组织结构和功能。一则它通过才产生特殊的环境（如分泌胃酸和胆汁），分泌保护性黏膜以及汗毛的有规律运动等方式，在外界环境与内部器官（尤其是消化，吸收，生殖器官）之间构成一道非特异性防御屏障；另外它又是机体局部免疫的重要场所。
    3. 维护菌群平衡：机体的另一无形的防御屏障是体内正常菌群。它们在某一特定栖居地（主要是消化道）定居繁殖，种类和数量相对稳定。这些菌群对许多致病菌有拮抗作用，包括竞争性占据靶器官，阻止后者的定植和扩增，以及产生某些化学性质（如大肠菌素等），直接抑制病原菌的生长。一些专业户乱用抗菌药而导致疾病增多，其重要因素就是破坏了机体正常菌群的生活。在应激条件下（寒冷，暑热，疾病等），有些原本正常的菌群可能突变为致病菌（如大肠杆菌等）。